Pražský jednotný splachovací kanalizační systém navrhl roku 1893 britský specialista William Heerlein Lindley (1853–1917), tehdy městský inženýr ve Frankfurtu nad Mohanem. Využil při tom dva starší projekty, vytvořené jednak Janem Kaftanem a Jamesem Hobrechtem, jednak Josefem Václavkem a Vincencem Ryvolou (1849–1917). Ten také, v rámci městské kanalizační kanceláře, řídil projektování, stavbu následně i provoz mechanické čistící stanice odpadních vod v Bubenči, jejíž parametry Lindley stanovil.
Čtyři kmenové stoky byly zaústěny do 34 metry dlouhé podzemní nádrže, uzavřené cihelnou klenbou na rozpon 12 metrů, kde se ze splašků nejprve mřížemi a pak pohyblivými česlemi cedily odpadky a na jejímž kónickém dně z nich byl usazován písek a popel. V desíti 87 metrů dlouhých klenutých stokách, v podzemí jižně od provozní budovy, pak sedimentovaly jemné organické kaly, odčerpávané k využití coby hnojivo, a voda následně odtékala do Vltavy. (...)
Stavba byla v srpnu 1901 zadána firmě umělecky ambiciózního architekta a stavitele Quida Bělského (1855–1909), která původní strohý projekt nahradila architektonicky pozoruhodným řešením. Budova byla dokončena roku 1905 a následovala montáž technologie: veškeré potrubí, nádrže, mostní i výtahové konstrukce stejně jako povodňová a kalová čerpadla v suterénech stavby dodala První českomoravská továrna na stroje v Libni, Akciová společnost strojírny, dříve Breitfeld, Daněk & spol. v Karlíně vyrobila dva ležaté parní stroje 60 HP s příslušnými parními kotli, pracující v přízemí západního křídla budovy, opatřeného třicetimetrovým komínem. Spád splašků roztáčel ve zvláštní podzemní komoře do dneška nedochované vodní kolo, pohánějící větráky v šachtách, ústících do druhého, východního komínu.
Dne 27. června 1906 byl zahájen zkušební provoz čistící stanice. Její zřízení bylo modernizováno vždy zhruba po dvaceti letech, ale až v roce 1967 ji nahradila nová čistírna na Císařském ostrově, která však ještě do poloviny let 80. využívala jejích usazovacích nádrží.
Od roku 1991 je památkové chráněna, od roku 2010 požívá coby Národní kulturní památka nejvyššího domácího stupně ochrany a v roce 2020 byla navržena k zápisu na seznam památek Světového dědictví UNESCO. Od roku 1988 zde působil dobrovolnický spolek, jehož členové zprovoznili oba parní stroje a v roce 1992 založili nadaci, která umožnila přeměnit budovu na Ekotechnické muzeum, které dnes provozuje město Praha prostřednictvím své správcovské společnosti.